Hijo de Gotthardt Peyer, el músico y laudista de la ciudad de Graz al menos entre 1646 y 1659, que evidentemente ya era un seguidor de la nueva escuela de laúd francesa y buscado como profesor de laúd, y nieto de Vitus Antonius Peyer, quien aparece documentado como organista y maestro de escuela en St. Veit en 1632 (Parroquia de Graz / St. Leonhard).

Johann Gotthard fue matriculado en Graz en 1661 y en 1672 en la Universidad de Viena.  La Biblioteca Nacional de Austria posee un manuscrito de laúd barroco escrito a mano por el compositor Johann Gotthard Peyer. De 1672 a 1678 fue capellán de la orquesta de la Corte Imperial en Viena/Austria. Su salario anual era de 200 florines.

Su tabulación de laúd barroco se atribuye a Leopoldo I (1640 - 1705), emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, rey de Hungría y rey de Bohemia, a quien Peyer presentó su música en persona.